Ултрест когда-то был мирной, богобоязненной землей вплоть до дня Трех Божьих Наказаний, которые должны были обрушиться на землю, как предсказал святой Иезекииль, один из двенадцати последователей Первого Пророка. Сначала был голод, что уничтожило большую часть населения. Потом появилась чума, которая добавила больше несчастных душ на счетах Смерти. Наконец вышел великий огненный дождь, и смерть пала на грешников и невиновных, кровь текла по улицам вместо воды. Люди, впавши в отчаяние, отвернулись от Святой Матери Церкви и погрузились в этот хаос и поддавались искушениям дьявола. Вас обвинили в управлении инквизицией. Все зависит от вас, вы можете расследовать преступления против единой истинной веры и искоренить всю ересь - используя все, что вы посчитаете необходимым. Как и во всех лучших RPG играх - самый важный выбор за вами.
В Hyperdimension Neptunia нам представили четырёх главных героинь, так называемых CPU-богинь, которые были властителями и защитницами четырёх же стран: Нептуна (олицетворение компании SEGA, названа в честь не вышедшей консоли SEGA Neptune, её страна Планептун), Нуар (олицетворение PlayStation, страна Ластейшен), Вер (олицетворение Xbox, страна Линбокс) и Блан (олицетворение Nintendo, страна Ловии). Почему же они CPU? Потому что разработчики решили хитро примешать к игре любимый многими жанр меха, только вместо внедрения больших прямоходящих роботов или каких-то других трансформеров, они придумали модули, которые героини будут на себя одевать — это так называемые части процессоров, потому и зовут девушек CPU, вот только расшифровывается эта аббревиатура не стандартно, а как «Главная консоль» (Console Patron Unit). А ещё каждая из девушек выглядит вполне обычно в своей нормальной форме, но превращается в настоящую воительницу, а-ля девчонки из Strike Witches (или Kill la Kill), войдя в форму HDD — Hard Drive Divinity. Это такая божественная форма, в которой CPU по-настоящему проявляет себя и свои способности.